A kegyhely kialakulásában alapvető szerepe volt a könnyezés csodájának, amely miatt az egykori fatemplom helyén megépítették a mai bazilikát.
E csoda története 1696-ban kezdődött, amikor a Szent Liturgia közben az egyik pócsi gazda megriadva látta, hogy az ikonosztáz Istenszülő képén Mária szeméből könnyek folynak, az arcvonásai fájdalmat tükröznek.
A templomi gyülekezet is csakhamar tudomást szerzett a csodás könnyezésről. Másnap nagy tömeg vonult a templomba.
A szomszédos Kálló római katolikus plébánosa egy tiszt haldokló gyermekét emelte a képhez; a gyermek megérintette a képet és meggyógyult. A boldog anya drágaköves gyűrűt helyezett a kép elé, ezzel nyitotta meg évszázadokra a pócsi Máriát hálásan tisztelők ma sem fogyatkozó sorát.
A kép könnyezése megszakításokkal november 4.-től december 8.-ig tartott. I. Lipót osztrák császár és magyar király a történtek alapján az egri püspökhöz intézett rendeletével a könnyező Mária-képet Bécsbe vitette. Már a kép Bécsbe szállításakor, útközben is számos másolat készült a csodás képről. Egy ilyen másolat került az eredeti helyére Máriapócson is.
Az új pócsi kép, az elsőhöz hasonlóan, először 1715-ben kezdett könnyezni. Augusztus 1.-én, 2.-án és 5.-én hullatott sűrű könnyeket. A történteket bizottság vizsgálta meg, és megállapította, hogy a templomot Mária csodás könnyei másodszor is megszentelt hellyé tették.
A kép másodszor 1905. decemberében könnyezett, megszakításokkal szinte egy egész hónapon át. A könnyezés tényét egyházi és világi vegyes bizottság ellenőrizte és megállapította a könnyhullás valódiságát.
1948-ban XII. Pius pápa a máriapócsi kegytemplomot bazilika rangra emelte. Így épült a nyírségi tájba a máriapócsi kegytemplom a híres Mária-képpel, erőteljesen meghatározva az itt élők életét, befolyásolva jelenüket és jövőjüket.
Az eredeti kép mérete 50x70 cm, temperával jávorfára festve készült. Fél alakban ábrázolja Máriát, aki bal karján tartja a Kisdedet. Fejük körül díszes dicsfény található, arcuk mellett az Isten Anyja (MT QU) és Jézus Krisztus (IS CS) szövegek görög betűs rövidítése olvasható. Mária bíbor színű felsőruhát visel, fején és jobb vállán látható két csillag, a harmadikat a Gyermek takarja. Jobb kezével Fiára mutat. Jézus jobb kezét áldásra emeli, baljában háromágú, liliomszerű virágot tart. A nyakában görög keresztet visel. A kép felső sarkaiban egy-egy kerub fej látható.
A képet a második világháború után restaurálták, s akkor derült ki, hogy Papp István annak idején nem új deszkát használt a festéshez, hanem egy igen régi, megkopott bizánci ikont festett át.
A most Máriapócson található másolatot is - amely kétszer könnyezett -, hasonló ékességek veszik körül. A legértékesebbek a szúette mankók, görbe botok, a gyógyulás beszédes bizonyítékai, a hátrahagyott emléktárgyak, melyekhez egy-egy megmentett élet, visszakapott egészség, megújult ember hálája és köszönete kapcsolódik.
Van azonban muzeális érték is és igazi ezüst, arany ékszer a képen és a külön tablókban is. Nyakékek, karkötők, karikagyűrűk, aranyláncok és fülbevalók díszítik a képet. Ezt régebben szeggel rakták fel és megrongálták vele a kép fatábláját, később egy kartonra selymet terítenek és mintegy ruhát varrtak a képnek. Erre tűzték fel az ékszereket. Így azonban a képből csak kevés volt látható.
2003-ban Máripócs, Magyarország legismertebb kegyhelyeként, felvételt nyert az Európai Máriás Hálózat-ba, mint az a hely, ahol Mária könnyei bűnbánatot ébresztenek, könnyeket fakasztanak, és megtérést eredményeznek.
